アレイシ・エスパルガロが予選制す。アプリリアにとってはMotoGP初ポール／第3戦アルゼンチンGP

　フリー走行2回目に続いて行われた予選のQ1は、中上、ミゲール・オリベイラ（レッドブルKTMファクトリー・レーシング）、エネア・バスティアニーニ（グレシーニ・レーシングMotoGP）、フランセスコ・バニャイア（ドゥカティ・レノボ・チーム）、ポル・エスパルガロなどによって争われた。

　序盤、中上が1分38秒913を記録してトップに立ち、2番手には0.014秒差でバスティアニーニが続く。バニャイアは序盤のアタックでタイムを全く詰めることができず、3周を終えるといち早くピットに戻った。

　再びコースインしたバニャイアは、残り時間4分でトップタイムをマーク。しかし中上、さらにポル・エスパルガロが自己ベストを更新し、ポル・エスパルガロがトップで残り時間2分となった。

　トップのポル・エスパルガロと2番手の中上はポジションをキープし、ホンダのふたりがQ2進出を決めた。3番手はバスティアニーニ、4番手はバニャイア。また、前戦ウイナーのオリベイラは6番手で、Q1で予選を終えた。

　Q2がスタートすると、フリー走行2回目を2番手で終えていたビニャーレスがまずトップに立つ。しかしそのタイムをマルティン、ミラー、さらにアレイシ・エスパルガロが更新。前半のアタックを終えて、アレイシ・エスパルガロがトップ、マルティンが2番手、クアルタラロが3番手につけた。ミラーは2番手のタイムを記録した直後に、1コーナーでスリップダウン。1コーナーはフリー走行から転倒が相次いでいたコーナーで、レミー・ガードナー（テック3KTMファクトリー・レーシング）やポル・エスパルガロ、ダーリン・ビンダー（WithUヤマハRNF・MotoGPチーム）、ベゼッチなどがここでクラッシュしている。

　残り時間が5分を切り、終盤のアタックの時間帯に入ると、マルティンが1分37秒839を叩き出してトップに浮上する。しかしそのタイムをアレイシ・エスパルガロが0.151秒更新し再びトップに立った。

　アレイシ・エスパルガロはそのとき記録した1分37秒688でポールポジションを獲得。アレイシ・エスパルガロにとってスズキから参戦していた2015年カタルーニャGP以来、アプリリアにとってはロードレース世界選手権の最高峰クラスがMotoGPと呼ばれるようになって以降、初のポールポジション獲得となった。

　2番手はマルティン、3番手はルカ・マリーニ（ムーニーVR46レーシング・チーム）が獲得している。4番手はポル・エスパルガロ、アレイシ・エスパルガロのチームメイトであるビニャーレスは5番手だった。

　クアルタラロは6番手。終盤のアタックで、ミラーと交錯しかけており、これについては審議の対象となっている。そのミラーは11番手。Q1を突破してQ2に挑んだ中上は10番手だった。