スーパーGT第3戦富士は予選日午後の公式予選が行われ、午前中トップのMJ KRAFT SC430がトップでスーパーラップ進出を果たした。2番手はPETRONAS TOM'S SC430、3番手にENEOS SC430が続きSC430勢がトップ3を独占。前戦ウイナーのウイダーHSV-010はSL進出を逃した。

　午後13時50分からスタートした公式予選。今回はスーパーラップで最終的な予選順位が決するため、各ドライバーの予選通過基準タイムのクリアとともに、スーパーラップ進出をかけた熾烈なタイムアタック合戦が行われることとなる。

　コースオープンとともに多くのマシンが一斉にコースに飛び出していくが、午前の練習走行でHIS ADVAN KONDO GT-Rと接触したPETRONAS TOM'S SC430はそのペナルティのため5分間は走行できず。ピットレーンでオフィシャル立ち会いの下待機した後、脇阪寿一のドライブでコースインを果たした。

　序盤、トップに立ったのは午前中トップのMJ KRAFT SC430。しかし、脇阪から交代したアンドレ・ロッテラー駆るPETRONAS TOM'S SC430がこれを逆転。トップに浮上する。3番手にはZENT CERUMO SC430が続き、SC430勢により上位が争われた。

　終盤、コース上にパーツが落ちていたため、いったん赤旗が提示された後、GT300クラスの占有走行でセッション再開。目まぐるしく上位のタイムが変わり、最終的にARTA Garaiyaがトップタイムをマーク。JIMGAINER DIXCEL DUNLOP F430、COROLLA Axio apr GTと続いた。8台中JAF GT車両とFIA GT車両が4台ずつひしめき、デビュー戦となるZENT Porsche RSRも7番手でスーパーラップ進出を果たすこととなった。

　しかしセッション後、赤旗中断時に前走者を追い抜いたとしてRAYBRIG HSV-010のベスト、セカンドベストタイムが抹消。MOTUL AUTECH GT-Rは繰り上がりでSL進出となった。

　GT500クラスの占有走行では、チェッカー周に上位が決する激しいアタック合戦に。SC430勢によって上位が争われたが、最終的にトップとなったのは大嶋和也駆るMJ KRAFT SC430。次いでPETRONAS TOM'S SC430、ENEOS SC430とSC430勢がトップ3を独占することとなった。

　GT-R勢の最上位は5番手のHIS ADVAN KONDO GT-R。しかし、MOTUL AUTECH GT-Rが9番手でスーパーラップ進出を逃すことに。HSV-010勢はARTA HSV-010が6番手でSL進出。KEIHIN HSV-010、RAYBRIG HSV-010がSL進出を果たした。前戦勝者のウイダーHSV-010は13番手グリッドが確定している。