一方、上位陣は2回目のストップに向けて膠着状態のままレースが続けられていたが、波乱が起きたのが61周目。トップを走っていたグッドスマイル 初音ミク AMGがパンクチャーに見舞われてしまい、緊急ピットイン。ロスタイムは少なかったが、長い最終スティントを走ることになってしまった。
これでトップに立ったGAINER TANAX AMG GT3は、70周を終えてピットへ。また、追い上げをみせるD’station Porscheもやや遅れてピットに入る。一方、タイミングをずらしていたJMS P.MU LMcorsa RC F GT3は、79周を終えピットイン。坪井から中山にステアリングを戻した。
JMS P.MU LMcorsa RC F GT3は第1スティントを引っ張ったこともあり、最後のピットストップを39.3秒という速さで終える。これで首位を譲らずGAINER TANAX AMG GT3の前でピットアウトすることに成功したが、GAINER AMGのビヨン・ビルドハイムは、チェッカーに向けJMS P.MU LMcorsa RC Fが背後につけた。
しかし、トップでバトンを受け取った中山は、逆にGAINER TANAX AMG GT3のビヨン・ビルドハイムとのギャップを広げ、トップでチェッカー! レクサスRC F GT3にスーパーGTにおける初勝利をもたらすとともに、51号車LM Corsaにも初勝利をもたらした。坪井もスーパーGT初勝利を2戦目で飾っている。
2位はGAINER TANAX AMG GT3が入り、最後までプッシュを続けたD’station Porscheが3位に。ポールポジションスタートのグッドスマイル 初音ミク AMGだが、終盤ふたたび左フロントタイヤがパンクチャーに見舞われてしまい後退。4位はショップチャンネル ランボルギーニ GT3、以下LEON CVSTOS AMG、B-MAX NDDP GT-Rというトップ6となった。